La presa se ha visto envuelta diversos temas legales.
El funcionamiento de la presa Francisco J. Múgica en Lázaro Cárdenas tuvo un costo de hasta 4 millones de pesos por años hasta el 2015. Los costos de operación superaron los ingresos de la generación eléctrica y servicios de riego.
Del costo operativo de la presa únicamente se recuperaban 12 millones de pesos, cuando el costo es de 16 millones de pesos. Desde este 2020 se señalaron supuestos actos de corrupción para licitación y construcción, generando hasta 30 millones de pesos por generación de energía y demás servicios que ofrecen en la región.
El titular de la Comisión Estatal del Agua y Gestión de Cuencas (CEAGC), German Tena señaló que la presa se ha visto envuelta diversos temas legales, pero es de relevancia reconocer su importancia en la generación de electricidad que beneficia a la ciudadanía de la región y el sistema de riego.
La capacidad de riego de la presa se puede aumentar. De manera que el titular de la Comisión Estatal del Agua, aseguró una inversión mayor la capacidad de irrigación podría aumentar la producción en el año hasta 18 mil hectáreas.
La tan polémica presa fue inaugurada en el 2011 por el gobernador Leonel Godoy Rangel y fue más adelante que comenzó la producción de piscicultura como tilapia, carpa y lobina.
